1985—1989年，以新疆资源开发和生产布局研究为主题，开展了历史上新疆第二次综合科考。这次科学考察的主要贡献是提出了新疆1990-2010年的生产布局和远景规划。

考察队成员来自中国科学院有关研究所、高等院校及新疆有关科研、产业部门，共45个单位， 350人，涵盖资源、能源、环境、工业、农业（农、林、牧、渔）、交通、经济等专业。经过四年多的艰苦努力，考察队按计划完成了16部专题报告以及阶段报告等，共约700万字的系列成果。主要结论包括：（1）新疆是一个资源大省（区），石油与棉花资源尤为丰富，向西开放有着广阔前景，应将新疆建成东西方连接的桥头堡；（2）新疆资源开发的主要限制因素是水与交通，应把新疆建成全国最节水的地区；（3）新疆的生态环境是区域人口-资源-环境链中最薄弱的环节，应根据环境的支撑能力确定资源开发、人口增长和经济发展的适度规模；（4）新疆必须加强民族团结；（5）应正确处理好地方与中央企业的关系；（6）新疆经济发展取决于劳动力素质，取决于人才，应加快新疆教育事业的发展步伐。考察队还对新疆的渔业、环境、区域开发等方面提出了意见与建议。